Cleopatra II là con gái của Ptolemaios V và Cleopatra I. Bà là chị gái của Ptolemaios VI và Ptolemaios VIII Physcon. Bà đã kết hôn với cả hai người em của mình.[1][2]

Cuộc hôn nhân đầu tiên là với em trai bà Ptolemaios VI vào khoảng 175 TCN. Họ đã có ít nhất bốn đứa con:[1]

• Ptolemaios Eupator, sinh năm 166 TCN. Đã trở thành đồng chấp chính với cha mình một thời gian ngắn, nhưng đã chết sớm vào khoảng 152 TCN.
• Cleopatra Thea sinh năm 164 TCN. Bà đã kết hôn với Alexander Balas, Demetrius II Nicator and Antiochus VII Sidetes. Bị ám sát bởi con trai bà vào khoảng 120 TCN.
• Berenice, chết sớm năm 150 TCN
• Cleopatra III, sinh ra giữa 160 và 155 TCN. Kết hôn với chú của bà Ptolemaios VIII.
• Ptolemaios (D) sinh khoảng 152 TCN. Bị ám sát năm 130 TCN bởi Ptolemaios VIII

Cleopatra II đã kết hôn với em trai bà Ptolemaios VIII Physcon vào khoảng 145 TCN. Họ đã có ít nhất một con trai:[1][2]

• Ptolemaios Memphites. Sinh ra giữa 144 và 142 TCN. Bị sát hại bởi chính cha của mình vào 130 TCN.